根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定：

属地管理原则

如果分公司与总公司不在同一县（市），则分公司应在所在地的税务机关办理税务登记，并就地申报缴纳增值税、企业所得税等主要税种。

汇总纳税例外

经财政部、国家税务总局批准，符合条件的企业（如大型集团），可由总公司统一汇总计算、集中申报纳税，此时分公司无需就地独立纳税。

企业所得税“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算” 

多数情况下，分公司需在所在地预缴企业所得税；

年终由总公司统一汇算清缴，多退少补。

增值税、附加税等

分公司只要有应税行为，就必须在注册地或经营地独立申报缴纳增值税及相关附加税。

总结一句话：

分公司虽非法人，但通常需在所在地“独立申报、就地纳税”；只有经批准的集团企业可由总公司汇总纳税。

举例说明：

某公司在杭州注册（总公司），在上海设立分公司：

上海分公司需在上海税务局办理税务登记；

正常开具发票、申报增值税；

按比例预缴企业所得税；